Askerliğini 1951 yılında Ankara Sıhhiye’deki Ordu evinde tamamladıktan sonra, 1953 yılında Ayten Alpman ile evlendi. Bu evliliğinden Ayşe ile İlhan isimlerinde iki çocuğu oldu. Yedi yıl süren evlilikleri 1960’ta sona erdi. İkinci evliliğini ise Necla Gencer ile gerçekleştiren Gencer’in bu evliliğinden Bora Gencer isminde bir oğlu vardır. Oğlu Bora Gencer de müzisyendir.
İlham Gencer Hürriyet gazetesi tarafından 1965 yılında ilk kez düzenlenen ve sonradan gelenekselleşecek olan "Altın Mikrofon" yarışmasında "Zamane Kızları" adlı şarkısıyla ilk 10'a girdi.
Hakkında 2018 yılında Sami Sefer Coşkun tarafından yazılan ‘Bozkurt İlhami Gencer’le Sanat ve Siyaset Bir Arada’ adlı bir kitap yayımlanmıştır
